Le paysage actuel de Bouguenais, notamment au nord et à l'est, sur les rives de la Loire, est très différent de ce qu'il était avant le 19e siècle. Les modifications successives du lit de la Loire l'ont profondément transformé et avec lui, l'économie de la commune.
Jusqu'à la moitié du 18e siècle, la Loire aux abords de Bouguenais était beaucoup plus large qu'aujourd'hui et comptait plusieurs petites îles : Mandineau, Rangeot, Botty, Cheviré, Trentemoult... Une activité batelière intense alimentait les ports de Bouguenais par le bras sud du fleuve formé par ces îles.

Le réseau routier était très sommaire, constitué surtout de chemins terre et de caillasse entre le bourg et les hameaux isolés, souvent impraticables en hiver. L'essentiel des communications se faisaient donc par le fleuve et les rivières. Les charretiers ne desservaient que les zones non accessibles par bateau.

La partie du fleuve située entre les îles et le coteau était appelée « la petite rivière ». Bouguenais comptait deux ports principaux : Roche Ballue et Port Lavigne, et deux cales annexes, Bouguenais et les Couëts. Cette voie était utilisée pour le commerce et l'échange de produits régionaux : le sel de la baie de Bourgneuf, les briques de Chauvé, le vin, le fourrage et le bétail des prairies de Buzay, arrivant du Pays de Retz, et les matériaux de construction, tuffeaux, bois et chaux de Montjean, venant du Maine et Loire. La Roche Ballue possédait un poste de douane, pour le contrôle des marchandises, et plus de 5000 bateaux transitaient chaque année par cette voie, sans compter le transport de voyageur par cabotage du Pellerin à Nantes. Bien que les marées le rendent difficile, ce moyen de circulation était le plus rapide. Mais les caprices du fleuve et les obstacles qu'il présentait rendaient également la navigation dangereuse, comme en témoigne l'accident du 25 avril 1698 qui envoya par le fond une barque de cabotage avec presque tous ses passagers près de Port Lavigne.

Malgré ces inconvénients, Port Lavigne était une excellente rade de mouillage pour les voiliers et galions qui ne pouvaient atteindre Nantes avant le renversement du courant. En raison des grandes crues qui inondaient régulièrement la zone, les nombreuses maisons situées le long du coteau, qui abritaient notamment les employés aux fonctions maritimes, étaient surélevées. Leurs habitants prenaient l'habitude de monter leur mobilier et de vivre à l'étage chaque année en octobre et pour quelques semaines. Plus large qu'aujourd'hui mais peu profond, le fleuve pouvait grossir rapidement, alimenté par la fonte des neiges, les pluies abondantes et les grosses marées. Les eaux recouvraient ainsi les îles et la chaussée sur plus de deux mètres. Les négociants importants avaient fait construire de riches demeures plus haut sur le coteau. De nombreux pêcheurs habitaient également le coteau, la pêche au saumon, alose, lamproie, plie, anguille et mulet étant florissante.

L'ensablement progressif du fleuve au 18e siècle empêchait cependant les lourds navires de commerce de remonter jusqu'au port de La Fosse à Nantes et les marchandises devaient être déchargées en rade de Paimbœuf pour être acheminées par des gabarres ou gabarots. La concurrence de Lorient se faisait croissante et la prospérité du port de Nantes était donc menacée. L'ingénieur Mangin proposa en 1749 de rétrécir le lit de la Loire pour en augmenter le courant et, par le jeu des marées, en évacuer le sable et la vase. En rattachant au coteau les îles situées au sud du fleuve, ce projet condamna l'activité de la marine de Bouguenais et des communes voisines. Cet aménagement ne se fit pas sans réticences de la part des notables de Bouguenais ni des fermiers et herbagers qui eurent des difficultés à mener leurs animaux en pâture sur les îles désormais vouées à des plantations agricoles. Les pêcheurs, lavandières, laboureurs et producteurs de lin avaient également à se plaindre de ces travaux. On condamnait ainsi au néant bon nombre de professions. A la révolution, le paysage avait donc été modifié en profondeur et la vie maritime s'éteignait, seuls quelques pêcheurs continuant cette activité au Port Lavigne et aux Couëts.

En 1869, le tonnage des navires augmenta de nouveau et le chenal principal posa des problèmes. On attendit 1903 pour effectuer des dragages et de nouveaux endiguements condamnèrent cette fois les étiers et le port des Couëts. Les dernières professions maritimes disparaissaient peu à peu, de même que les zones de reproductions pour le gibier et le poisson. Sur le versant sud, le fleuve n'existait plus. Une immense prairie verdoyante servait de pâturage aux bovins de la Région. Les joncs et l'osier avaient disparu, quelques roseaux subsistant, seuls vestiges du temps passé. Au début du 20e siècle Bouguenais effectua sa reconversion dans l'ère industrielle.

La commune est séparée en deux pôles urbains, Bouguenais et Les Couëts, et cette séparation est solidement ancrée dans les habitudes de vie. La lecture de cartes de différentes époques fait apparaître le poids de l'héritage historique, notamment par l'existence de deux bourgs dotés chacun d'une église. Les travaux routiers contemporains ont renforcé la distinction de ces deux quartiers : la croix formée par la route de Pornic et la rocade sud du périphérique nantais centrée sur l'échangeur de la Bouvre induit une véritable rupture géographique au sein de la commune. C'est notamment pour les relier que le centre culturel du Pianock'tail a été implanté entre ces deux quartiers.

Bouguenais est devenue une commune péri-urbaine, ou rurbaine. Le paysage bouguenaisien en témoigne : recul de la ruralité, en particulier par la disparition de ses activités agricoles, installation de nouveaux habitants d'origine urbaine, avec le développement d'un habitat à dominante pavillonnaire. Ainsi la population bouguenaisienne a plus que doublé entre les recensements de 1954 et 1999, date à laquelle elle atteignait 15627 habitants. Une telle progression a nécessairement un impact sur les paysages d'une commune. C'est sans nul doute la création ex-nihilo d'un quartier à la Croix-Jeannette qui a marqué le plus spectaculairement cette évolution : ce nouvel ensemble d'habitations érigé entre 1977 et 1981 comptait en 1990 plus de 2000 habitants, soit près de 14 % de la population totale de Bouguenais. Mais cette croissance urbaine concerne aussi les deux centres historiques de la commune : la Cité de Beauvoir de 1953 à 1965 pour accueillir les employés de la nouvelle centrale E.D.F de Cheviré, le Champ Toury pour le Bourg (1989/90), le lotissement du Chatelier (1975/77), du Bourneau (1978/80) et du Clos St Julien (1986/88) aux Couëts. L'espace rural a également eu tendance à se désagréger, notamment le long de la route de la Montagne et autour de certains villages, profitant du recul des terres cultivées. Le Plan d'Occupation des Sols (POS) mis en place à Bouguenais à partir de 1976 a servi à maîtriser ce phénomène.

La ville de Bouguenais affiche un nombre d'emplois supérieur à celui des actifs vivants dans la commune (7549 actifs, 8157 emplois d'après le recensement de 1999), tandis que près des trois quarts des Bouguenaisiens travaillent à l'extérieur de la commune. L'implantation d'activités y est relativement ancienne et marque elle aussi le paysage. Il s'agit, entre autres de :

• L'aéroport (simple terrain d'aviation en herbe en 1932, devenant piste en dur dès 1939) qui emploie directement 750 personnes,
• Les activités qui y sont liées, telle l'Aérospatiale qui existe sous ce nom depuis seulement 1970, mais qui succède, après maints changements d'appellation (SNCAO, Sud Aviation) et de statuts, aux ateliers Bréguet installés depuis 1936 à proximité de l'aérodrome,
• Les entreprises de travaux publics (carrières Nouel et Maraîchères...),
• Les sociétés en relation avec le port à bois de Cheviré, installé principalement à Nantes mais dont l'arrière zone s'étend jusque sur Bouguenais,
• Le parc d'activités tertiaires de la Bouvre, étendu sur 15 hectares

Bouguenais dispose de 2 km de berges sur la Loire. Pourtant, comme l'ensemble de l'agglomération, Bouguenais n'est pas tourné vers le fleuve et n'utilise pas son potentiel. Les Bouguenaisiens se sont détournés de la Loire à mesure que celle-ci s'éloignait physiquement d'eux, sous l'action des travaux de comblement et de remblaiement liés aux aménagements du port de Nantes. Aujourd'hui, l'évolution des mentalités, la prise de conscience de la richesse de ce patrimoine créent les conditions d'une redécouverte, voire d'une reconquête du fleuve et de ses rives trop longtemps délaissés.